행정자치부가 정부와 지방자치단체간 갈등에 대한 정부의 직권조정기능을 강화한다고 한다. 지방자치법을 개정, 부처와 지자체간 갈등이 공공의 이익에 현저히 침해될 경우 총리실 산하 행정협의조정위원회가 직권중재에 나서고, 행정협의조정위원회 설치도 의무화해 정부가 적극적으로 갈등조정에 나설 수 있도록 한다는 것이다. 또 행정협의조정위가 조정한 안은 부처나 지자체 등 해당 기관이 반드시 이행하도록 하고 이를 따르지 않을 경우 총리실에서 내린 이행명령을 준수하도록 의무화했다.

지방자치제가 실시되면서 중앙정부와 지자체간 다툼이 종종 표출되고 있다. 주민 이익을 앞세우는 지자체가 정부와 갈등을 빚는 것도 당연하다. 그러나 결론적으로 말하면 정부와 지자체간 분쟁은 현재의 시스템으로도 충분히 조정할 수 있다. 해당기관의 요청이 있을 경우 행정협의조정위원회를 설치해 해결하면 된다. 행자부는 인지한 분쟁을 조정할 수 있는 권한이 없다 보니 지금까지 9건만 접수되는 데 그쳤다고 설명한다. 그러나 이는 별로 설득력이 있어 보이지 않는다. 힘의 불균형으로 인해 지방정부가 중앙정부와 충돌하지 않으려는 것이 현실이기 때문이다. 중앙정부는 예산, 감사 등 다양한 권한을 갖고 있어 지방정부를 통제, 압박할 수 있다. 따라서 행정협의조정위의 권한을 강화해 분쟁해결능력을 키우겠다는 것은 행정편의주의적인 발상이자 지방화시대에 역행하는 것이라고 할 수 있다.

중앙정부의 갈등조정기능은 필요하지만 갈등은 자율적으로 해결할 때 힘을 갖는다. 정부가 우월적 지위로 개입해 문제를 해결하는 것은 후유증을 남긴다. 국책사업의 집행을 편하게 하기 위한 방편으로 이용될 것이라는 시장군수협의회 등의 우려에 정부는 귀를 기울여야 한다.