대검은 개정된 국가보안법이 공포·시행된 31일 이에 따른 수사지침을 전국 검찰과 경찰에 시달했다.

대검은 이 지침에서 새 국가보안법에 규정된 반국가단체의 범위가 「정부를 참칭하거나 국가변란을 목적으로 한 지휘통솔체계를 갖춘 단체」이므로 앞으로 이 부분에 대해 수사할 때는 단체의 규약·강령·조직체계 등을 명확히 가리고 구성원들의 업무분담 또한 분명하게 입증하라고 지시했다.

대검은 또 반국가단체 고무·찬양,잠입·탈출,회합·통신,금품수수행위의 처벌은 국가의 존립·안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 하는데 한해 처벌토록 하고 이 경우에도 피의자의 주관적 범의를 입증하지 못할 때에는 처벌하지 못하도록 했다.

대검은 이와 함께 중국·유럽코뮤니즘·일본공산당 등 특정국의 공산계열과 관련한 잠입·탈출,고무·찬양,회합·통신행위에 대해서도 처벌하지 못하도록 했다.

대검은 앞으로 국가보안법을 적용할 때 국가기밀의 범위가 구법보다 더 세분화되어 있기 때문에 통상적인 기밀의 탐지·수집·누설행위에 대한 처벌은각별히 신중을 기하도록 했다.