1999년 12월 23일 헌법재판소는 1961년부터 39년간 시행되었던 군가산점제에 대하여 위헌 결정(1999.12.23.98헌마363)을 내린 바 있다. 헌재가 제시한 가장 중요한 결정 사유는 평등권과 공무담임권 침해였다. 군가산점제는 헌법상 근거가 없으며, 여성과 장애인 등 병역면제자의 공무담임권을 침해함으로써 능력주의와 기회균등을 제한하고 사회적 약자의 희생을 초래한다는 것이다. 그러나 이와 같은 헌재의 판단은 ‘불평등’의 기준점을 존 롤스가 말한 ‘원초적 상태’로부터 도출한 것이 아니라는 점에서 논란의 여지를 남겼다.

대한민국 헌법 제39조는 국방의 의무를 ‘모든 국민’에게 부여하고 있으며 누구든지 병역의무의 이행으로 인하여 ‘불이익한 처우’를 받지 않아야 한다고 규정하고 있다. 이 조항에 의하면 병역면제자의 평등권과 공무담임권을 침해한다는 이유로 군가산점제가 위헌이라는 헌재의 결정 자체가 오히려 위헌적일 수 있다는 생각이 든다. 병역의무자와 병역면제자가 동등한 조건에서 경쟁하는 것이 평등이라는 헌재의 판결은 분명 ‘불이익한 처우’이자 ‘불평등’인 까닭에서다.

얼핏 보기에는 군가산점제가 여성과 장애인의 평등권과 공무담임권을 침해한다는 헌재의 결정이 타당한 것처럼 보인다. 그러나 헌재는 군가산점제를 특별한 보완조치 없이 폐지할 경우 오히려 군복무자의 평등권과 공무담임권이 침해된다는 사실을 고려하지 않았다. 국가가 군복무자에게만 2년 동안 공직 진출을 저지하고 적정한 수당조차 지급하지 않은 것은 부당하다. 따라서 군가산점제가 병역면제자의 평등권과 공무담임권을 침해한다는 헌재의 논리는 군가산점제의 위헌 결정이 병역의무자의 평등권과 공무담임권을 침해한다는 논리와 이율배반을 일으키게 된다.

헌법에 명시된 국방의 의무를 특정하고 있는 법률은 병역법이다. 그런데 병역법 3조에 규정된 병역의무 조항은 국민에게 부과된 헌법 39조의 병역의무를 남자에게만 강제하고 여자에게는 선택하도록 함으로써 성차별과 불평등을 초래하였다. 제2차 세계대전 이후의 전쟁은 주로 총력전의 형태로 수행되고 있으므로, 헌법상 병역의무 조항은 모든 국민에게 해당한다고 보아야 한다. 총력전에서는 전투 체력이 우세한 남자들뿐만 아니라 통신·정보·군수·작전·의료 등 전 분야에서 성별을 초월한 고급 자원들을 요구하고 있기 때문이다. 고급 정보처리 능력을 갖춘 장애인도 희망한다면 재택 근무의 형태로 병역의무에 종사할 수 있게 해야 한다.

헌법 39조의 병역의무가 모든 국민에게 부과된 것이 사실이라면 현역 복무를 위한 징집대상을 남자에게만 제한한 병역법 3조 규정은 차별이 분명하다. 병역의무는 국민이라면 인종, 피부색, 성별 차이에 관계없이 모두에게 분담되어야 마땅하다. 그러나 병역법 3조가 남자에게만 징집의무를 적용함으로써 2년 동안 시험공부 등의 기회를 박탈하고 공직 진출을 저지해 놓고서도 군복무자들에게 자유로운 상태의 병역면제자들과 동등한 조건에서 경쟁하라고 했다면, 이는 군복무 사실 때문에 부당한 처우를 받지 않아야 한다는 헌법 규정에 반하는 것이다. 따라서 군복무 가산점제에 대한 위헌 판결 자체가 위헌적이다.

1999년 헌재 판결의 위헌성을 극복하기 위해서는 두 가지 방향에서의 보완 조치가 필요하다. 하나는 병역의무를 전 국민에게 넓혀 적용하는 방향이다. 현대 총력전의 양상에 부합할 수 있도록 병력 자원을 남녀, 장애인·비장애인을 불문하고 모든 국민들을 대상으로 확대 소집하고, 잉여자원에 대해서는 병역특례 및 공익근무요원 등으로 근무하게 하는 것이다. 다른 하나는 현재 군복무자들에게 강제하고 있는 모든 불평등에 대한 보상체계의 강화다. 군가산점제의 실시는 물론이고, 현실적인 수당 지급 등으로 차별적 요소들을 시정해야 한다. 이를 위해서는 여성 등 모든 군면제자들에 대하여 2년 동안의 급여에서 일정 부분을 국방비로 징수하는 것이 필수적이다. 최근 국방부가 실시한 여론조사에서 국민 80%가 군가산점제 부활 지지의사를 표명한 것은 헌재 결정의 위헌성을 지적한 것으로 볼 수 있다.