동성동본 금혼제는 원래 중국의 주·한대에 완성된 종법제와 함께 확립된 제도로 ‘본종은 백대에 이르더라도 일가로 대한다’는 혈연관계를 중요시하는 사상에서 유래됐다.우리나라에서는 고려 중기부터 전래되기 시작한 뒤 조선이 건국되면서 건국이념인 유학의 영향으로 혼인제도에 있어 하나의 원칙으로 자리잡게 되었고 17세기 후반 이후 우리의 혼인법 질서에서 중요한 위치를 차지하게 됐다.

이 제도는 당시의 윤리·사회적 기반이 이념적으로는 유학이었고 사회경제적으로는 남계를 중심으로 한 가부장적 대가족 중심의 사회와 자급자족 원칙의 농경사회였으므로 그같은 사회환경에서 사회질서를 유지하는 수단의 하나로 가능했던 것이다.

그러나 오늘날 동성동본 금혼제의 존립기반은 근본적으로 동용하고 있다고 볼 수 있다.족벌적·가부장적 사회의 기초가 된 신분제도와 남존여비사상은 배척되었고 우리의 혼인 및 가족생활도 ‘개인의 존엄과 양성의 평등’의 바탕위에서 성립되고 유지돼야 하는 것이다.핵가족화와 함께 가족원의 지위나 역할분담,그에따른 의식도 달라졌고 남녀평등 및 여성의 사회진출,독신여성 및 이혼녀 증가 등으로 남아선호와 남아의 가계계승 관념도 퇴조하는 등 큰 변화가 오고 있다.

특히 인구의 기하급수적인 증가로 85년 인구통계에 따르면 김해 김씨,전주 이씨,밀양 박씨의 경우 그 인구가 389만명,2백37만명,2백70만명에 이르는 등 동성동본이 금혼의 기준으로서 합리성을 인정받을 수 없기에 이르렀다.게다가 민법 제정 이후 사실혼관계에 있는 동성동본혼을 구제하기 위해 3회에 걸쳐 시행한 ‘혼인에 관한 특례법’은 이미 이러한 현상을 대변한 것이라 할 수 있다.

결론적으로 이제 근친 사이의 혼인문제는 법적으로는 동성동본 금혼제를 제외한 민법 규정으로 규제하고,이를 넘는 금지혼의 범위는 변화하는 윤리와 도덕관념에 맡길 수 밖에 없는 것이며 그 이상을 법적으로 규제할 사회적 기반은 이미 붕괴되었거나 근본적으로 동요하고 있다고 볼 수 밖에 없다.

동성동본 금혼의 법률조항을 위헌이라고 하는 것은 그것이 헌법의 정신이나 규정에 명백히 반하기 때문이며,이를 위헌을 본다하여 헌법재판소가 동성동본인 혈족 사이의 혼인을 권장한다거나 기존의 보편타당한 윤리 내지 도덕관념을 부정하는 것은 결코 아니라는 점을 분명히 밝혀둔다.