①개별법률 금지의 원칙 등에 위배되는지 여부에 관하여.

개별법률금지의 원칙은 입법과정에서 입법자의 자의가 개재될 여지를 사전에 방지하고자 하는데 그 목적이 있는 것이지만,우리 헌법은 개별법률을 금지하는 규정을 따로 두고 있지는 않다.따라서 특별법 제2조가 개별법률의 성격을 지닌다는 점만으로 곧바로 헌법에 위반된다고 할 수는 없다.

다만 이 원칙의 바탕은 개별법률을 허용할 경우 평등원칙에 위배되는 자의적 입법이 이루어질 가능성이 매우 크다는데 있는 것이고 평등원칙은 우리 헌법이 선언한 중요한 이념의 하나이므로 위 조항이 평등 원칙에 위배되는지 여부의 문제는 여전히 남는다.

그런데 위 조항은 우리의 헌정 역사상 가장 큰 피해를 입힌 헌정질서 파괴행위를 대상으로 하는 것으로서 집권과정상의 부도덕성이나 그 범죄행위에 대한 공소시효의 완성 여부가 논란의 대상이 되고 있는 시점에서 특별법이 제정되었다는 점 등을 고려하면 이를 그밖의 다른 헌정질서 파괴행위와 구분하여 취급하는 데에는 충분히 수긍할 만한 합리적 이유가 있다고 아니할 수 없다.

따라서 위 조항은 평등원칙에 위반한 개별법률이라 할 수 없고 또 그 대상자들을 재판없이 유죄로 확정하는 내용의 것도 아니므로 법원의 재판권을 침해하거나 무죄추정의 원칙을 위반한 것도 아니다.

②죄형법정주의에 위배되는지 여부에 관하여.

우리 헌법이 선언한 죄형법정주의에 의하여 범죄구성 요건과 형벌의 범위,즉 가벌성의 조건을 사후적으로 변경하는 것은 어느 경우에도 허용되지 않는다.그러나 공소시효는 소추 가능성에 연관된 것일 뿐,가벌성과는 아무 관련이 없는 것이므로 이에 관한 규정은 죄형법정주의의 효력 범위에 속하지 않는다.

따라서 이미 행해진 범죄에 대하여 공소시효의 정지를 정한 특별법 제2조는 죄형법정주의나 형벌불소급의 원칙에는 위배되지 않는다.

③법치주의 원칙에 위배되는 지의 여부.

공소시효가 만료되지 않은 상태에서 소급 입법을 제정하는 부진정 소급은 헌법에 위배되지 않는다.따라서 공소시효가 만료된뒤 소급 입법을 제정하는 진정 소급이 헌법에 위반되는 것인지를 따져봐야 한다.

(1)합헌의견(재판관 김진우·이재화·조승형·정경식)

진정 소급효는 원칙적으로 허용되지 않지만 신뢰가 보호할 만한 가치가 없거나 지극히 적은 경우 소급입법을 통하여 달성하려는 공익이 매우 중대하여 예외적으로 신뢰보호의 이익에 우선하는 경우에는 예외적으로 허용될 수 있다.

우리 헌법은 자유민주적 기본질서를 근간으로 하는 가치지향적인 헌법이다.헌정질서 파괴범은 일반 형사범의 경우와는 달리 헌법에 의한 보호를 호소하여 공소시효의 완성 이후 형사소추를 받지 않으리라는 기대가 법치국가적 신뢰보호 원칙에 기초할 수 없다.

특별법이 공소시효가 정지되는 것으로 보는 기간은 이 사건 헌정질서 파괴 행위자들이 국가권력을 장악하고 있어 이들에 대한 소추권행사가 원초적으로 불가능하였던 기간이다.특별법은 국가의 태만으로 인하여 경과한 시효기간에 대해서까지 시효의 진행을 정지시키는 것은 아니다.

결과적으로 이 사건 헌정질서 파괴행위자들에 대하여 국가가 실효적으로 소추권을 행사할 수 있는 기간을 다른 일반국민들에 대한 시효기간과 동일하게 맞춤으로써 이 사건 범죄행위로 초래됐던 불평 등을 제거하겠다는 것에 불과하고 범죄행위자들을 자의적으로 차별하는 것이 아니며 실질적 정의와 공평의 이념에 부합시키는 조치라고 할 수 있다.

(2)위헌의견(재판관 김용준·김문희·황도연·고중석·신창언)

진정 소급효를 가지는 입법은 원칙적으로 허용되지 않으며 신뢰를 보호할만한 가치가 없거나 지극히 적은 반면 소급입법을 통하여 달성하려는 공익이 매우 중대한 아주 예외적인 경우에만 허용된다.

공소시효 완성후 소추 가능성을 뒤늦게 살아나게 하는 것은 형벌을 사후적으로 가능하게 하는 범죄구성 요건을 제정하는 것과 결과적으로 형벌에 미치는 사실적 영향의 측면에서 차이가 있을 수 없다.

비록 공소시효규정을 절차법적으로 이해한다 하더라도 적어도 공소시효가 완성된 경우에 국가에서 다시 소급적으로 소추 가능성을 부여하는 것은 그 효과에서 가벌성의 소급효과와 같은 것으로 봐야 한다.

따라서 공소시효가 완성된 이상 그에 따른 법적 지위를 사후적으로 침해하는 것은 헌법상 받아들일 수 없는 것이다.

따라서 위 조항은 특별법 시행일 전에 동법 소정의 범죄행위에 대한 공소시효가 이미 완성된 경우에도 적용하는 한 헌법에 위반된다.