행정수도와 함께 이전해야 할 군 관련 대상기관은 합참본부 등 국방부 영내기관 13개,국방연구원 등 직할기관 3개,서울지구병원 등 직할부대 6개 등 모두 22개로 이전 비용이 1조 6972억원으로 추산됐다.국방부가 3일 국회 국방위 소속 한나라당 박진 의원에게 제출한 국정감사 자료에 따르면 군 관련 대상기관의 이전 비용은 ▲부지 비용 4106억원 ▲시설 비용 1조 1402억원 ▲정보통신 인프라 구축비용 1464억원 등 모두 1조 6972억원에 달했다.