행정법원 환급 판결에 국세청 항소..납세자 경정청구 가능해져

국세청의 종합부동산세(종부세) 세액 산정방식이 이중과세에 해당한다는 법원 판결이 나오면서 이와 관련된 환급 소송이 줄을 이을 것으로 보인다.

서울행정법원 행정14부는 21일 한국전력공사와 국민은행 등 25개 기업이 “종부세와 재산세가 중복해서 부과됐다”며 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종부세 부과처분 취소 청구소송에서 원고 승소 판결했다고 밝혔다.

재판부는 판결문에서 “종부세법 시행규칙상 계산방식에 따르면 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과하게 되는데 이는 이중과세에 해당해 위법하다”고 밝혔다.

즉 현행 종부세법은 이중으로 세금을 부과하는 것을 피하기 위해 종부세 가운데 재산세를 공제하도록 돼 있는데 시행규칙상 계산방법대로 세액을 산정하면 재산세 중 일부가 공제되지 않아 그만큼 세액을 초과 징수하게 된다는 것이다.

종부세는 공시가격이 일정 기준을 넘으면 그 초과분에 대해 공정시장가액비율(80%)을 곱해 과세표준액을 산출한다. 이후 세율을 곱해 나오는 종부세액에서 초과분에 해당하는 재산세액을 공제해주는 구조로 돼 있다.

법원이 문제를 삼은 부분은 이중과세를 막기 위해 종부세 산출세액에서 빼주는 재산세액이 부당하게 적게 산출됐다는 것이다.

가령 공시가격 10억원짜리 주택이라면 공제 기준인 6억원을 넘는 4억원의 80%인 3억2천만원에 대해 종부세를 과세한다. 이 3억2천만원의 재산세 공정시장가액비율(60%)인 1억9천200만원의 0.4%가량인 재산세액을 종부세에서 공제한다.

법원은 이번 판결에서 재산세 공제액을 계산할 때 이 4억원의 80%가 아닌 100%를 기준으로 계산해야 한다고 밝혔다.

그러나 국세청은 종부세 과세표준을 정할 때는 공제기준 초과액의 80%만을 적용하면서, 재산세 공제액을 계산할 때는 공제기준 초과액의 100%를 적용하는 것은 형평성에 맞지 않다는 입장이다.

국세청 관계자는 “법원 판결은 시행규칙이 상위법인 종부세법에 위배된다는 것인데 전혀 그렇지 않다”며 “상급심에 항소해 상급심 판결이 나오면 그 판결에 따를 것”이라고 말했다.

이번 판결로 종부세 부과처분 취소 청구소송을 낸 KT, 한국전력, 삼성테스코 등의 기업은 이미 낸 종부세 일부를 돌려달라는 경정청구를 국세청을 상대로 관할 세무서에 낼 수 있다.

그러나 경정청구에 따른 환급은 관련 소송의 대법원 확정판결이 나와야 이뤄지기 때문에 당장 해당 기업들이 종부세 일부를 돌려받기는 힘들 것으로 보인다.

만약 대법원에서 이번 판결이 최종 확정되면 2009년부터 징수된 종부세(농어촌특별세 20% 포함)를 다시 계산해 환급해줘야 한다. 하지만 이번 판결이 대법원에서 뒤집히면 기존대로 종부세를 부과할 것으로 전망된다.

상급심이 진행되는 과정에서 조세불복 등의 부작용이 있을 수 있지만 대법원 판결 때까지 별다른 혼란이 없을 것이라는 관측도 있다.

연합뉴스