의약분업은 지난 63년 제정된 약사법에 약사의 조제권과 함께 명시된 조항이었으나 부칙에 의사의 직접조제를 허용함으로써 시행이 유보된 이래 36년간 많은 우여곡절을 겪은 비운의 정책이다.82년에는 농어촌 의료보험 실시와 함께 전남 목포에서 의약분업 시범사업이 실시됐으나 의사·약사간 재계약실패로 3년만에 종결됐다.88년과 89년 의료보험 확대실시에 맞춰 정부는 의약분업안을 마련,실시를 추진했으나 그 때마다 의사협회와 약사회 등 이익단체의 반발로 유명무실해졌다.

94년 한·약분쟁을 계기로 약사법을 개정,97년 7월부터 99년 9월 사이에 대통령령이 정한 날로부터 의약분업을 실시토록 명시했다.

이에 따라 97년에는 국무총리 직속의 의료개혁위원회가 의약품 분류방식에의한 단계별 의약분업 실시방안을 마련했고,98년 5월 보건복지부장관을 위원장으로 소비자·언론 등 공익대표와 의·약계 인사 등 20명으로 ‘의약분업추진협의회’를 구성했으며,그 해 8월에는 시행시기와 구체적인 방안을 합의했었다.