김영삼대통령이 『신설되는 중소기업청은 중소기업을 실질적으로 지원할 수 있는 명실상부한 권한과 위상을 가져야 한다』면서 『중소기업청 신설을 둘러싼 부처이기주의는 절대 용납하지 않겠다』고 강조한 것은 중소기업청설립이 확정된 후 재경원과 통상산업부 등 각부처가 중기청의 위상과 권한이양문제를 놓고 부처간 대립과 마찰을 빚어왔기 때문이다.지금까지 부처이기주의는 행정능률의 효율성제고와 정부 규제완화 및 철폐를 저해하는 고질적인 병폐로 작용해왔다.

중기청설립과 관련,부처간에 이견을 보이고 있는 것에는 현재 재정경제원 산하에 있는 중소기업은행·신용보증기금·기술신용보증기금과 신설될 지역신용보증조합을 중기청에 이관하는 사항이 있다.중기청의 상급기관이 될 통상산업부는 이밖에도 건설교통부의 중소기업의 공업입지,노동부의 외국산업연수생 도입,환경부의 환경규제문제 등도 중기청에서 다루어야 한다고 주장하고 있다.향후 설립될 중기청은 현재 어려움을 겪고 있는 중소기업의 현안문제를 해결하는 단기적 과제를 푸는 데국한된 것이 아니라 경제의 중장기적인 양극화현상을 시정키 위해서 설치되는 만큼 그 권한과 위상은 매우 중요하다.

그러므로 각 부처는 부처이기주의나 영토주의적 발상을 과감히 버리고 중기청설립에 적극적인 협조가 있어야 하겠다.중기청은 일본의 중기청운용에서 볼 수 있듯이 자금과 인력문제를 포함하여 지방자치단체와의 중기문제 협력관계 등을 다룰 수 있는 권한이 있어야 한다고 생각한다.그 점에서 중소기업은행·신용보증기금 등을 중기청로 옮기는 것이 타당하다.

노동부가 관장하고 있는 외국인산업연수생 도입문제를 비롯하여 각부처는 갖고 있는 중기관련 업무를 스스로 찾아내어 중기청에 이관하는 적극적인 자세가 필요하다.다만 건설교통부의 공장입지문제와 환경청이 관장하고 있는 중소기업관련문제는 그 자체가 수도권의 집중현상과 국민의 삶의 질문제와 깊은 관련이 있는 만큼 이관보다는 부처간 협력강화를 통해서 해결하는 것이 바람직할 것이다.