현재 진행되고 있는 새만금공사의 성격을 놓고 환경·시민단체와 농업기반공사간 맞고소·고발이 이어지고 있다.최열 환경운동연합 공동대표 등 환경·시민단체 대표들은 1일 “새만금 2호 방조제 일대 공사가 진행된 것은 법원의 결정을 위반한 불법공사”라며 “농림부장관과 농업기반공사 사장을 공유수면 매립법 위반죄로 검찰에 고발하겠다.”고 밝혔다.

이에 대해 농업기반공사측은 “문제가 된 구간의 공사는 기초지반에 대한 보강공사일 뿐 전진공사란 주장은 터무니없다.”며 전주 환경운동연합 관계자를 명예훼손 혐의로 고소했다.