식품 중 위해 가능성 물질은 없으면 없을수록 좋다. 그러나 모든 것은 양면성이 있어서 소비자가 원하지 않는 성분이더라도 필요한 때가 있다. 농약이나 동물용의약품 등이 대표적인 사례다.

농약이나 동물용의약품은 농작물 재배나 가축 사육과정에서 병충해를 예방하거나 치료하는 데 꼭 필요하다. 특히 질병에 걸린 가축에서 얻은 축산물 판매는 식품위생법으로 엄격히 금지하고 있다. 가축의 질병을 치료하려면 최소한의 동물용의약품 사용이 필요하다.

다만 정부는 동물용의약품의 오남용을 막고자 약사법을 적용해 가축별로 사용 기준을 정하고 있다. 식품위생법은 사용 기준에 따라 가축별로 섭취하는 부위마다(근육, 지방, 내장, 우유, 계란 등) 잔류 기준을 정하고 있다. 따라서 약사법에서 정한 사용 기준을 지키지 않으면 식품에서 잔류 기준이 초과된다. 농약도 농약관리법에 의해 사용 기준을 정하고 잔류 기준은 식품위생법으로 정하고 있다. 식품 중 잔류농약이나 잔류동물용의약품 또는 식품첨가물 등과 같은 화학물질은 사용 기준에 따라 정확하게 사용할 때 오남용이 방지되고 환경오염과 이로 인한 피해를 예방할 수 있다. 이에 정부는 지난 1월 농약에 대해 허용물질목록관리제도(PLS)를 시행했으며, 동물용의약품에 대해 단계적으로 시행하기로 했다.

식품은 생물을 원료로 만들어진다. 또 단순 분쇄가 아닌 다양한 가공 방법을 거쳐 다양한 비율로 혼합해 만든다. 때문에 식품의 안전과 관련된 성분 규격은 그리스 신화의 테세우스처럼 프로크루스테스의 침대에 맞아떨어지지 않는다.

국제무역에서도 국가별 기준 규격은 무역갈등 요소가 된다. 세계무역기구(WTO) 출범에 맞춰 세계보건기구(WHO)와 국제식량기구(FAO)가 공동으로 국제식품규격위원회를 운영해 국제 기준의 조화를 꾀하고 있다. 농약이나 동물용의약품도 지역이나 국가마다 다를 수 있다. 때문에 수출 식품에 대해서는 우리의 약품 잔류기준이 국제적으로도 허용될 수 있도록 정밀한 자료가 필요하다. 수입 식품에 대해서는 한국인의 섭취량 자료를 토대로 섭취 수준이 허용할 수 있는 수준인지를 확인할 필요가 있다. 이처럼 식품 기준과 규격의 설정은 다양한 분석데이터의 축적이 필요하며 식품 무역장벽을 극복하는 작업이기도 하다.