대법, 종부세 일부 ‘이중과세’ 판결

국세청의 종합부동산세(종부세) 계산 방법에 문제가 있어서 세금을 돌려줘야 한다는 대법원 판결이 나와 향후 파문이 어디까지 미칠지 관심이 쏠린다. ‘땅부자’ 대기업들만 세금을 돌려받을 길이 트였다. 이번 판결이 종부세를 냈던 다른 기업들의 줄소송으로 번질 전망이다. 국세청이 준 고지서대로 세금을 낸 개인 납세자 대부분은 환급받을 수가 없다. 형평성 논란이 불거질 것으로 보인다.

이번 소송전은 KT 등 35개 기업이 “2009년 이후 거둬들인 종부세 가운데 일부가 이중과세에 해당하므로 돌려 달라”며 국세청을 상대로 227억원대의 종부세 부과처분 취소청구 소송을 제기하면서 시작됐다. 2005년부터 시행된 종부세는 처음부터 같은 부동산에 재산세와 함께 세금을 두 번 매긴다는 이중과세 논란이 컸다. 이에 정부는 2008년 말 시행규칙을 바꿔서 종부세 과세 금액에 매겨진 재산세를 빼주기로 했다. 재산세 산정 방식에 대해 기업과 국세청의 해석이 달랐다.

현재 기업은 갖고 있는 상가, 사무실 등의 부속토지가 80억원이 넘으면 종부세를 내야 한다. 부속토지 공시가격이 100억원이라면 과세 기준인 80억원을 뺀 나머지 20억원이 대상이다. 20억원 중에서도 80%(공정시장가액비율)인 16억원에만 종부세를 매긴다. 여기에서 이중과세를 막기 위해 이미 낸 재산세를 깎아준다. 종부세를 매길 과세표준 16억원에 붙었던 재산세를 종부세에서 빼주는 것이다.

하지만 대기업들은 여전히 이중과세라고 주장했다. 16억원(80%)이 아닌 20억원(100%)에 붙은 재산세를 모두 깎아줘야 한다는 논리다. 대법원은 대기업의 손을 들어줬다. KT의 경우 종부세가 기존 146억 2600만원에서 115억 5900만원으로 줄어든다. 한국전력은 100억 2460억원에서 76억 4900만원으로 깎인다.

국세청은 당혹감을 감추지 못하고 있다. 국세청 관계자는 “대법원 판결 취지대로라면 20%에 대해서는 종부세와 재산세가 모두 부과되지 않는 모순이 발생한다”고 말했다. 국세청은 파기환송심에서 기획재정부와 협의해 대법원 판결로 재산세가 오히려 과다 공제된다는 문제를 설명하기로 했다. 파기환송심에서 진다면 재상고를 하는 등 적극 대응할 방침이다.

종부세를 낸 다른 대기업들도 2012~2014년에 낸 종부세에 대해 소송을 제기할 가능성이 커졌다. 종부세는 국세청이 고지하는 대로 내지만 세금이 생각보다 많으면 납세자가 스스로 계산해 신고할 수 있다. 자진신고 방식으로 땅을 많이 보유한 대기업이 주로 썼다. 자진신고를 했다면 세금을 신고한 지 3년 안에 소송을 걸거나 경정청구를 할 수 있다.

반면 개인은 국세청 고지서대로 세금을 내는 경우가 대부분이다. 고지서를 받고 90일 안에 국세청에 이의를 제기해야 세금을 돌려받을 수 있다. 종부세는 매년 11월 중순에 고지되기 때문에 소송을 걸거나 경정청구를 할 수 있는 기간이 끝났다. 세무대리인을 고용해 자진신고한 임대사업자 등 다주택자는 소송을 제기할 수 있다.

세종 장은석 기자 esjang@seoul.co.kr